90年代，刘荣昌等研发出以“环状芽孢杆菌”为有效菌的“生物钾肥”，许景钢研发出“土壤磷素活化剂”!这一时期出现的微生物肥料的特点是成分为单一的营养菌，主要通过利用微生物特性来提高土壤中主要营养元素的含量和有效性。║效果VS问题微生物肥料应用效果增加作物产量：王素英等人在2003年的统计结果表明各类微生物肥料的增产幅度在10%左右，其中以复合微生物肥料增产效果明显，达到20%以上！吕彦彬等人在2009年的研究结果表明：单独施用微生物肥料没有配施有机肥或化肥对马铃薯的增产效果明显，同时说明微生物肥料在作物增产中只起到辅助作用，不能代替有机肥和化肥而单独使用!

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　　同时微生物肥料市场鱼目混杂，国家在该类肥料的质量监管上还没有形成完善的规章制度和产品标准!菌种纯度不高、针对性不强微生物肥料具有生态适应性，施用时应依据当地生态状况、作物品种、土壤类型和耕作方式等确定具体施用方式和施用量，有针对性地筛选出高适应的功能菌种，以达到较佳的作用效果!但是绝大多数微生物肥料企业还在使用分离筛选及传统育种等相对滞后的菌种选育技术，造成微生物肥料地域针对性不强，适应性较差，个别企业甚至提纯复壮做的都很不到位，导致菌种纯度下降、活性衰减、田间效果不稳定或迅速下降！

　　改善作物品质微生物肥料能改善作物品质已是不争的事实.某些微生物肥料即使没有明显的增产作用，但仍然能改善作物品质.施用微生物肥料能够在明显提高蔬菜含糖量和维生素C含量的同时降低蔬菜的硝酸盐含量！微生物肥料对水果品质的影响也比较明显！刘利军等人在2007年的研究中表明：在使用微生物肥料后，砀山酥梨叶片氮含量显著降低，微量元素含量、糖酸比、含糖量和Vc含量等明显增加，并证明了果实的品质、耐贮性和梨果的等级均显著提高.

　　║按功能不同分类根据功能不同又可分为：溶磷微生物肥料、解钾微生物肥料、有机质分解微生物肥料等，如豆科植物接种剂和土壤磷素活化剂等.同一类功能的微生物肥料也可以是不同微生物种类的肥料，如溶磷菌肥，既可以是细菌肥料也可以是真菌肥料，因为同一微生物具有不同功能、或不同微生物具有相同功能的现象在微生物肥料界非常普遍!║按含有微生物种类的多少划分分为单一微生物或复合微生物肥料等.单一微生物肥料：只含有一种微生物作用的肥料!

　　1895年由德国科学家Noble研发出世界上早的微生物肥料“Nitragin”根瘤菌接种剂专利产品，从此微生物肥料逐渐进入人们的视线。目前，西方发达国家微生物肥料的使用率已占到其国家肥料使用量的20%以上！国内▼20世纪30年代我国对微生物肥料研究刚刚起步，张宪武率先对大豆根瘤菌接种技术进行研究，他从我国东北各地土壤样本中分离到130个固氮菌菌株并推广150万公顷，使当时大豆平均增产10%以上。70~80年代开始了对丛枝菌根的部分真菌与植物根形成的共生体系的研究！

　　使用功能肥的好处功能肥市场前景十分广阔，是由戴峰研究与中国科技学园=院南京土壤、中国科技院厦门环境研究所、浙江大学、石河子大学、中国农业院等各大科研究院所联合研究10年的高科技产品!功能性肥料作为新型肥料的一部分，发展趋势是以肥料养分形态多样化、施肥简单化、肥料剂型颗粒化为准则，目前已成为肥料发展重要趋势方向之一！微生物肥料的分类及功效特点微生物肥料是指一类含有活的微生物并在使用中能获得特定肥料效应能增加植物产量或提的生物制剂.

　　1~0!3，疏松土壤效果非常显著！也有研究表明施入微生物菌肥后，由于微生物大量繁殖，促进了土壤中有机质的释放，改善了土壤的理化性质，增加了土壤团粒，改善了土壤结构！║微生物肥料存在的问题配套体系不够完善目前，我国还没有形成有利于微生物肥料应用的农业施肥、推广和监管体系。在发达国家大豆接种根瘤菌已成为常规耕作措施，而我国东北大豆根瘤菌的接种率却不到10%！玉米、水稻等大田作物化肥施用量过度，微生物肥料、有机肥料施用很少，短期行为普遍，推广力度和政策支持明显不足！