生物有机肥中有机物质的种类和C/N，也是影响生物有机肥肥效的重要因素，如粗脂肪、粗蛋白含量高则土壤有益微生物增加，病原菌减少；有机物中含C量高则有助于土壤真菌的增多，含N量高则有助于土壤细菌的增多，C/N协调则放线菌增多；有机物中含硫氨基酸含量高则对病原菌抑制效果明显；几丁质类动物废渣含量高将带来土壤木霉、青霉等有益微生物的增多；有益菌增多、病原菌减少，间接提高了生物有机肥的肥效。不同生物有机肥的组成，其养分含量和有效性不同，如含动物性废渣、禽粪、饼粕高的生物有机肥，其肥效高于含畜粪、秸杆高的生物有机肥。

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