这时，就必须对菌种进行分离纯化。其一般步骤是：取菌种进行全营养摇瓶培养（多做一些），对培养液进行稀释后涂布平板，一定要多做一些。培养后从中挑选出菌落直径大的单菌落（也要多挑一些），扩大培养后进行发酵培养基液体培养，测定产物产量，再多中挑选出产量高的.这些挑选出的菌种要多传代几次，每次都要进行生长情况测定和产物测定，就是要保证它们的遗传稳定，才能作为生产菌种.经过分离纯化后的菌种要多做一些，制成保藏菌种！

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　　一支菌种用于生产一段时间后，一旦生长情况不好，或产量下降较明显，就马上换菌种，不要等到明显不行了再换。另外，分离纯化后的菌种要重新做良好的生长条件和发酵条件试验，取得条件.因为菌种的遗传性状可能发生了变化.食用菌废弃物中含有丰富的菌体蛋白、多种代谢产物及未被充分利用的营养物质，有机质含量高，是较好的堆肥原料!经堆肥处理形成的菌渣肥料比用秸秆堆沤的肥料有更多的可给态养分和更好的增产效果.2做育苗基质把出菇后的废弃物与土壤混合后堆积发酵处理后，用来作为蔬菜、花卉育苗基质，基质的土壤理化性质得到改善，且生产成本低，幼苗生长健壮!

　　4用作食用菌栽培原料选择培养料未被杂菌污染的木耳、金针菇、杏鲍菇、白灵菇等栽培后的菌渣，进行剥袋、打碎、建堆发酵及灭菌等处理，用于平菇、草菇、鸡腿菇、双孢蘑菇等草腐菌栽培!5用作燃料将出菇后的食用菌废弃物晒干保藏，用于菌种培养基和培养料的灭菌燃料，这已在生产中广泛应用。近年开发的菌渣木炭机，将菌渣粉碎、烘干、制棒、炭化处理等工艺，在隔绝空气条件下，经高温高压成型、炭化处理后制成的一种废物再生能源.另外，近年开发的“生物质气化炉”，可直接利用菌渣做燃料，提高了热值和气化效率.

　　5、发酵天数：粪便4～7天，碳氮比较高的树皮、锯末等7～20天！6、发酵完成以后，即可对物料进行造粒等深加工工艺。传统菌种发酵罐生产工艺，一般是由试管母种扩繁成二级种、三级种，生产周期长、污染率高、成本高、需大量人工、管理困难！液体菌种生产具有纯度高、活力强、繁殖快的特点，接种到培养料内有流动性好、萌发点多，发菌迅速等特种点，发酵罐其实就是一种生物反应器，生物反应器是指为活细胞或酶提供适宜的反应环境，让他们进行细胞增殖或生产的装置系统！

　　6利用菌渣发展沼气目前一些食用菌产区利用菌渣发展沼气.如河南西峡县是食用菌生产大县，也是沼气试点县，目前已发展沼气5000户，每年有5000吨菌渣投入沼料使用。也可以作为禽畜养殖垫料，禽畜粪污被菌渣垫料中微生物分解，禽畜舍无臭味，垫料发酵后投入沼气池!7作为生态环境修复材料菇渣中含有大量的漆酶、多酚氧化酶以及过氧化物酶等多种降解酶类，这类酶不仅可以降解木质素，还能有效地降解萘、菲、吡等多环芳烃类的化合物!

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　　2、发酵菌剂是好(耗)氧性微生物，故应加大供氧措施，做到勤翻(可使用有机肥翻堆机设备进行翻抛，使物料进行充分的有氧发酵)，拌匀为宜。否则会导致厌氧发酵，影响效果。3、发酵物料的C/N(计算及调整办法另有说明)保持在25～30：1，pH值调节到6～8为好。4、发酵物料的水分应控制在60～65%.判断办法：手紧抓一把物料，指缝见水印但不滴水，落地即散.过高过低均不利于发酵,水过少,发酵慢;水过多会导致通气差、升温慢并产生臭味!